Марат Фатыхович Мирхайдаров родился в 1978 году. С 1995 по 1996 год служил в рядах Российской Армии. В 2004 году окончил Московский институт экономики, менеджмента и права. В 2007 году получил образование юриста в Московской Государственной Юридической Академии. В 2013 году окончил Российскую академию народного хозяйства и государственной службы при президенте Российской Федерации по специальности политология.
С 2003 года работал в бизнесе. С 2011 по 2013 год был помощником Уполномоченного при Президенте Российской Федерации по защите прав предпринимателей. Стоял у истоков формирования в России Института Уполномоченного при Президенте РФ по защите прав предпринимателей.
2014 году был назначен в Представительство Республики Башкортостан при Президенте РФ, где отвечал за установление, развитие и расширение деловых связей и контактов с дипломатическими и торговыми представительствами и миссиями иностранных государств, оказывал экспертную поддержку компаниям-экспортерам, содействовал в поиске зарубежных партнеров, консультировал по вопросам вхождения на зарубежные рынки региональных товаропроизводителей.
В его сферу ответственности также входили направления инвестиционного сотрудничества, обеспечения взаимодействия региона с федеральными органами власти, в том числе в рамках реализации федеральных целевых и государственных программ.
Свободно владеет английским, китайским, татарским, башкирским языками. На разговорном уровне – немецкий и тюрский.
Женат, имеет троих детей.